spack配置与使用

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安装spack

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git clone -c feature.manyFiles=true https://github.com/spack/spack.git
cd spack/bin
./spack install zlib

常用命令

常用命令如下：

命令 功能 例子
spack list 列出可用spack安装的全部软件
spack info 查询可安装软件的基本信息 spack info vasp
spack find 查询已安装的软件 spack find gcc
spack load 加载已安装软件的环境变量 spack load cmake
spack unload 卸载加载的软件的环境变量 spack unload cmake
spack install 安装软件 spack install gromacs

加载spack包管理器环境变量

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source spack/share/spack/setup-env.sh

将编译器加入spack编译器配置

执行spack compiler find可以将当前环境变量的编译器加载到spack编译器配置中,默认的配置文件在 $HOME/.spack/linux/compilers.yaml

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spack find gcc
spack load [email protected]
spack compiler find

纳入已安装的软件到spack

执行spack exteranl find可以将当前环境变量中包含bin目录的软件纳入spack管理，默认的配 置文件在$HOME/.spack/packages.yaml

添加软件源码镜像仓库

执行spack mirror add <name> <path>,例如添加软件源码镜像仓库spack mirror add local /es01/jnist/mirror,我们默认添加了这个镜像仓库

其他基础配置

通过spack config get config > config.yaml生成一份spack基础配置到$HOME/.spack下

命令详解

查询可安装软件

执行spack list可以查询可由spack安装的全部软件.有的时候,所需的软件的名字可能在spack软件列表不同,比如数学库blas、lapack、scalapack的实现会有好多种,下面我们展示下所有lapack的实现, 只需要在list后加-d参数

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spack list -d lapack

查询可安装软件的基本信息

执行spack info <package>可以查询可安装软件的基本信息.例如,查询vasp的基本信息:spack info vasp这样会打印出：

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spack info vasp
MakefilePackage:   vasp

Description:
     The Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) is a computer program
    for atomic scale materials modelling, e.g. electronic structure
    calculations and quantum-mechanical molecular dynamics, from first
    principles.

Homepage: https://vasp.at

Externally Detectable: 
    False

Tags: 
    None

Preferred version:  
    6.1.1        file:///es01/yeesuan/yeesuan003/vasp.6.1.1.tgz

Safe versions:  
    6.1.1        file:///es01/yeesuan/yeesuan003/vasp.6.1.1.tgz
    5.4.4.pl2    file:///es01/yeesuan/yeesuan003/vasp.5.4.4.pl2.tgz
    5.4.4        file:///es01/yeesuan/yeesuan003/vasp.5.4.4.tgz

Deprecated versions:  
    None

Variants:
    Name [Default]     When    Allowed values    Description
    ===============    ====    ==============    =============================================================

    cuda [off]         --      on, off           Enables running on Nvidia GPUs
    scalapack [off]    --      on, off           Enables build with SCALAPACK
    vaspsol [off]      --      on, off           Enable VASPsol implicit solvation model
                                                 https://github.com/henniggroup/VASPsol

Installation Phases:
    edit    build    install

Build Dependencies:
    blas  cuda  fftw  lapack  mpi  netlib-scalapack  qd  rsync

Link Dependencies:
    blas  cuda  fftw  lapack  mpi  netlib-scalapack  qd

Run Dependencies:
    mpi

Virtual Packages: 
    None

查询已安装软件

执行spack find可以查询使用spack安装好的全部软件

在find后加入-d(取依赖的英语单词dependencies的首字母)参数可以查看软件使用的依赖,例 如查看vasp6.1.0使用的依赖

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[yeesuan003@spack ~]$ spack find -d [email protected]
==> 1 installed package
-- linux-centos7-cascadelake / [email protected] -----------------
[email protected]
    [email protected]
        [email protected]
    [email protected]
    [email protected]

环境变量

加载软件的环境变量

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spack load <package>

有时候我们需要加载多个软件的环境变量，我们可以使用spack load <package1> <package2> ...例如加载intel2019和gcc6.5.0

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spack load [email protected] [email protected]

使用hash值加载软件的环境变量

有时候我们想加载某个软件，但它存在多个同名的软件时直接加载会报错,可以使用spack load /<hash>

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spack load gcc
==> Error: gcc matches multiple packages.
  Matching packages:
    io5n6ud [email protected]%[email protected] arch=linux-centos7-haswell
    x4guukb [email protected]%[email protected] arch=linux-centos7-haswell
    k63wbs4 [email protected]%[email protected] arch=linux-centos7-haswell
    6icy7ve [email protected]%[email protected] arch=linux-centos7-haswell
  Use a more specific spec.
spack load /k63wbs4

查看加载的环境变量

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spack load --sh <package>

获取软件安装位置和可执行文件名字

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spack location -i <package>

当然也可以使用hash值获取,

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spack location -i /<hash>

安装软件

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spack install <package>

通常,我们需要指定编译软件所需要的编译器,使用spack compilers可以查看spack可以使用的编译器