WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南

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WAVEWATCH III介绍：

WAVEWATCH III ® 是一个社区波浪建模框架，其中包括风波建模和动力学领域的最新科学进展。

所需要的软件

项目 版本 下载地址
WAVEWATCH III 6.07.1 https://github.com/NOAA-EMC/WW3/releases/tag/6.07.1
HDF5 1.10.1 http://hdfgroup.org/HDF5/
NetCDF 4.4.1.1 https://github.com/Unidata/netcdf-c/releases/tag/v4.4.1.1
NetCDF-FORTRAN 4.4.1 https://github.com/Unidata/netcdf-fortran/releases/tag/v4.4.1
PARMETIS 4.0.3 http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download
测试算例 mww3_data_01 ftp://polar.ncep.noaa.gov/tempor/ww3ftp/ww3_from_ftp.v6.07.tar.gz

获取源码

下载地址WW3

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wget https://github.com/NOAA-EMC/WW3/archive/refs/tags/6.07.1.tar.gz
mv 6.07.1.tar.gz WAVEWATCH-III.v6.07.1.tar.gz
tar xzvf WAVEWATCH-III.v6.07.1.tar.gz
cd WW3-6.07.1/

环境变量准备

env.sh
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############# gnu + openmpi #################
export PATH=/path/to/GNU/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/GNU/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/path/to/OpenMPI/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/OpenMPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

############# netcdf #################
export NETCDF_DIR=/path/to/NETCDF
export NETCDF_LIBDIR=$NETCDF_DIR/lib
export NETCDF_INCDIR=$NETCDF_DIR/include
export PATH=$NETCDF_DIR/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF_LIBDIR:$LD_LIBRARY_PATH
export WWATCH3_NETCDF=NC4
export NETCDF_CONFIG=$NETCDF_DIR/bin/nc-config

############# metis #################
export METIS_PATH=/path/to/METIS
export PATH=$METIS_PATH/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$METIS_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH

载入环境变量

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source env.sh

或者可以使用spack load openmpi

安装配置

执行以下命令安装

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./model/bin/w3_setup model/

运行与验证

获取测试样例并解压到测试用目录

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mkdir /path/to/WW3_TEST
cd /path/to/WW3_TEST
wget ftp://polar.ncep.noaa.gov/tempor/ww3ftp/ww3_from_ftp.v6.07.tar.gz
tar -xvf ww3_from_ftp.v6.07.tar.gz
cd cases

环境变量设置

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source /path/to/env.sh
export ww3_dir=/path/to/WAVEWATCH/WW3-6.07.1/model

修改mww3_case_01文件

  • 第61行

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    #cd /scratch1/portfolios/NCEPDEV/ocean/noscrub/Henrique.Alves/WW3_CASES/cases

  • 第65行

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    #module load intel mpt grads

  • 第72行

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    compstr="Gnu"

  • 第138行

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    proc=96

  • 第143行

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    #ww3_dir='echo $case_dir | sed 's/\/cases\/*//g''

  • 第420行,修改之后出现卡在Running multi-grid model ...的情况

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    mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np $proc --hostfile /path/to/WW3_TEST/hostfile $path_e/ww3_multi

运行样例，运行时间会特别长…

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./mww3_case_01

需要查看“work_case_01/log.mww3”日志中的“Elapsed time”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。

Elapsed time